近年来，随着质谱（MS）和核磁共振（NMR）技术的发展，极大提高了对代谢物的分析能力。大量代谢物可以从微量的样本中同时并准确测量。分析技术的发展引领了代谢组学的兴起，通过代谢研究来评估健康状况和相关代谢疾病。

代谢组学有两种形式，区别在于是否使用稳定同位素示踪剂。在没有示踪剂的情况下只能测定代谢物浓度，当使用稳定同位素示踪剂进行代谢研究时，可以评估代谢物浓度和路径(即代谢流)，后者对新陈代谢的研究更全面。